Ο Εμμανουήλ Γ. Χαλκιαδάκης είναι επίκουρος καθηγητής Ελληνικής Ιστορίας και Διδακτικής της στο ΠΤΠΕ του Πανεπιστημίου Κρήτης και διδάσκει στη Σχολή Επιστημών Αγωγής. Επίσης, εργάζεται ως σύμβουλος - καθηγητής στο Ελληνικό Ανοικτό Πανεπιστήμιο.
Είναι πτυχιούχος της Φιλοσοφικής Σχολής (Τμ. Ιστορίας - Αρχαιολογίας) του Παν/μιου Κρήτης, κάτοχος μεταπτυχιακού διπλώματος στη Σύγχρονη Ελληνική και Ευρωπαϊκή Ιστορία από το Παν/μιο Κρήτης, διπλωματούχος Ελληνικής Παλαιογραφίας του Παν/μίου της Οξφόρδης (Lincoln College) και διδάκτωρ του Τμ. Ιστορίας - Αρχαιολογίας του Α.Π.Θ. Επίσης, υπήρξε μεταδιδάκτωρ του Παν/μίου της Οξφόρδης (St Antony’s College) και μεταδιδάκτωρ του Α.Π.Θ.
Διετέλεσε, μεταξύ άλλων, ακαδημαϊκός συντονιστής (Academic Coordinator) προγραμμάτων και επιστημονικός συνεργάτης (Associate) Νεότερης Ελληνικής Ιστορίας στο Κέντρο Ελληνικών Σπουδών (CHS) του Παν/μίου του Χάρβαρντ, επισκέπτης καθηγητής (Visiting Professor) Ιστορίας στο Ινστιτούτο IOCS του Κέιμπριτζ, ανώτερος συνεργάτης (Senior Associate) του Παν/μίου της Οξφόρδης (St Antony’s College, European Studies Centre), επισκέπτης ερευνητής (Visiting Scholar) του Πανεπιστημίου του Λονδίνου (RHUL) και επιστημονικός συνεργάτης (Scientific Collaborator) του Πανεπιστημίου Λίνκολν της Νέας Ζηλανδίας. Παράλληλα, δίδαξε, ως ΕΔΙΠ και ως επόπτης της Σχολικής Πρακτικής Άσκησης, στο ΠΤΔΕ του Πανεπιστημίου Κρήτης, καθώς και στην Πατριαρχική Ανώτατη Εκκλησιαστική Ακαδημία Κρήτης, στην Αστυνομική Ακαδημία, στη Σχολή Ξεναγών Κρήτης και στη Δευτεροβάθμια Εκπαίδευση, ως μόνιμος εκπαιδευτικός (φιλόλογος), ύστερα από επιτυχία σε γραπτό διαγωνισμό του ΑΣΕΠ.
Έχει δημοσιεύσει περισσότερα από 10 βιβλία και μεγάλο αριθμό επιστημονικών άρθρων, κυρίως στους τομείς της Ελληνικής Ιστορίας και της Διδακτικής της, καθώς και της Εκκλησιαστικής και της Πολιτικής Ιστορίας. Το 2022 επιλέχθηκε από το Υπουργείο Παιδείας μελέτη του ως εξεταζόμενη ιστορική πηγή για τους υποψηφίους των Πανελλαδικών Εξετάσεων στο μάθημα της Ιστορίας.