Ο Εμμανουήλ Γ. Χαλκιαδάκης είναι επίκουρος καθηγητής Ελληνικής Ιστορίας και Διδακτικής της στο ΠΤΠΕ του Πανεπιστημίου Κρήτης και διδάσκει στη Σχολή Επιστημών Αγωγής. Επίσης, εργάζεται ως σύμβουλος - καθηγητής στο Ελληνικό Ανοικτό Πανεπιστήμιο.
Σπούδασε με υποτροφίες του Ιδρύματος Κρατικών Υποτροφιών (ΙΚΥ), του Ιδρύματος Ωνάση, του Ιδρύματος Λεντάκη, του Ιδρύματος Λάτση και του Πανεπιστημίου Κρήτης (ΕΠΕΑΕΚ), ενώ έχει λάβει, μεταξύ άλλων, τιμητικές αμοιβές (Honoraria) από το Πανεπιστήμιο του Χάρβαρντ. Είναι πτυχιούχος της Φιλοσοφικής Σχολής (Τμ. Ιστορίας - Αρχαιολογίας) του Πανεπιστημίου Κρήτης, κάτοχος μεταπτυχιακού διπλώματος στη Σύγχρονη Ελληνική και Ευρωπαϊκή Ιστορία από το Πανεπιστήμιο Κρήτης, διπλωματούχος Ελληνικής Παλαιογραφίας του Πανεπιστημίου της Οξφόρδης (Lincoln College) και διδάκτωρ του Τμ. Ιστορίας - Αρχαιολογίας του Α.Π.Θ. Επίσης, υπήρξε μεταδιδάκτωρ του Πανεπιστημίου της Οξφόρδης (St Antony’s College) και μεταδιδάκτωρ του Α.Π.Θ.
Διετέλεσε, μεταξύ άλλων, ακαδημαϊκός συντονιστής (Academic Coordinator) προγραμμάτων και επιστημονικός συνεργάτης (Associate) Νεότερης Ελληνικής Ιστορίας του Κέντρου Ελληνικών Σπουδών (CHS) του Πανεπιστημίου του Χάρβαρντ, επισκέπτης καθηγητής (Visiting Professor) Ιστορίας του Ινστιτούτου IOCS του Κέιμπριτζ, ανώτερος συνεργάτης (Senior Associate) του Πανεπιστημίου της Οξφόρδης (St Antony’s College, European Studies Centre), επισκέπτης ερευνητής (Visiting Scholar) του Πανεπιστημίου του Λονδίνου (RHUL), επιστημονικός συνεργάτης (Scientific Collaborator) του Πανεπιστημίου Λίνκολν της Νέας Ζηλανδίας, διδάσκων στο πρόγραμμα «Παιδεία» του Πανεπιστημίου του Κονέκτικατ (UConn) και προσκεκλημένος ομιλητής (Vortragender) του Ινστιτούτου Βυζαντινών και Νεοελληνικών Σπουδών του Πανεπιστημίου της Βιέννης. Επιπλέον, δίδαξε, ως ΕΔΙΠ και ως επόπτης της Σχολικής Πρακτικής Άσκησης, στο ΠΤΔΕ του Πανεπιστημίου Κρήτης, καθώς και στην Πατριαρχική Ανώτατη Εκκλησιαστική Ακαδημία Κρήτης, στην Αστυνομική Ακαδημία, στη Σχολή Ξεναγών Κρήτης και στη Δευτεροβάθμια Εκπαίδευση, ως μόνιμος εκπαιδευτικός (φιλόλογος), ύστερα από επιτυχία σε γραπτό διαγωνισμό του ΑΣΕΠ.
Έχει δημοσιεύσει περισσότερα από 10 βιβλία και μεγάλο αριθμό επιστημονικών άρθρων, κυρίως στους τομείς της Ελληνικής Ιστορίας και της Διδακτικής της, καθώς και της Εκκλησιαστικής Ιστορίας, της Πολιτικής Ιστορίας και της Ιστορίας της Παιδείας. Το 2022 επιλέχθηκε από το Υπουργείο Παιδείας μελέτη του ως εξεταζόμενη ιστορική πηγή για τους υποψηφίους των Πανελλαδικών Εξετάσεων στο μάθημα της Ιστορίας.